La implementación de Microsoft Defender for Endpoint con Intune es uno de los pasos más importantes para reforzar la seguridad de los dispositivos conectados (endpoints) en entornos corporativos que trabajan con Microsoft 365.
Al combinar la potencia de detección y respuesta (EDR) de Defender con las capacidades de gestión de dispositivos de Intune, se crea un ecosistema robusto que garantiza que solo los dispositivos conformes y protegidos accedan a los recursos corporativos.
Por qué integrar Microsoft Defender for Endpoint con Intune
Integrar Microsoft Defender for Endpoint (MDE) con Intune aporta una respuesta completa de seguridad en los dispositivos de las empresas. Estas son las ventajas principales:
- Sistema híbrido de defensa: Combina la detección avanzada de amenazas con la gestión y respuesta automatizada.
- Despliegue automatizado: Olvídate de scripts complejos; Intune despliega el agente de Defender de forma silenciosa en toda tu flota de dispositivos.
- Cumplimiento basado en riesgo: Puedes establecer políticas de acceso condicional. Si Defender detecta una amenaza en un equipo, Intune lo marca como «no conforme» y bloquea su acceso a Outlook o SharePoint hasta que esté limpio.
- Gestión centralizada: Visualiza el estado de salud de tus dispositivos y las alertas de seguridad desde un único ecosistema, facilitando la labor del equipo de IT.
- Multiplataforma: Ofrece protección integral para los principales sistemas operativos, incluyendo Windows, Windows Server, macOS, Linux, Android y iOS.
Cómo funciona la implementación de Microsoft Defender for Endpoint con Intune
La implementación de Microsoft Defender for Endpoint con Intune se basa en establecer un handshake (“apretón de manos») entre ambos servicios y luego dictar las reglas de comportamiento para los dispositivos. Es un proceso comparable a cuando te conectas a internet, donde también se produce un handshake de seguridad entre tu dispositivo y el router, o entre tu dispositivo y los certificados de las webs que visitas, pero con más capas de seguridad.
Cómo implementar Microsoft Defender for Endpoint con Intune paso a paso
A continuación, te contamos cómo implementar Microsoft Defender for Endpoint con Intune, alineado con las buenas prácticas y el flujo recomendado por Microsoft.
1. Integración inicial en Microsoft 365 Defender
El primer paso consiste en habilitar la integración entre Defender for Endpoint e Intune desde el entorno de administración de Microsoft 365. Esta integración permite que Defender comparta información de riesgo del dispositivo con Intune, lo que será clave para aplicar respuestas automáticas.
Para ello, sigue estos pasos:
- Desde el panel principal de Microsoft 365 ve a “Seguridad” (en el panel lateral izquierdo) para acceder al Centro de administración de Microsoft 365 Defender.
- Ve a “Configuración” > “Puntos de conexión” > “Características avanzadas”.
- Haz scroll hacia abajo y activa la opción de “Conexión a Microsoft Intune”.
- Pulsa sobre el botón de “Guardar preferencias”.

Activación de la conexión entre Defender for Endpoint e Intune.
2. Configuración en Microsoft Intune
Una vez habilitada la integración, el siguiente paso es configurar Intune para desplegar Microsoft Defender for Endpoint en los dispositivos. Para ello, sigue estos pasos:
1. Desde el Centro de administración de Microsoft 365, pulsa sobre “Mostrar todo” y accede al portal “Endpoint Manager”.
2. Una vez dentro, ve a “Seguridad de los puntos de conexión”, en el panel lateral izquierdo.

3. Desde aquí, podremos ver el estado de sincronización entre los portales de Microsoft Defender for Endpoint y Endpoint Manager. Tras la configuración que hemos realizado, podremos ver que el estado está marcado como “Disponible”. Si no aparece como “Disponible”, pulsa sobre el botón superior “Actualizar” para refrescar los datos.

4. A continuación, marcamos sobre “Activado” en la primera opción “Permitir que Microsoft Defender for Endpoint aplique las configuraciones de seguridad de punto de conexión” y las que deseemos de la lista inferior. En nuestro caso, vamos a activar también “Conectar dispositivos Windows a Microsoft Defender for Endpoint”.
5. Finaliza pulsando sobre “Guardar” (junto al botón anterior de “Actualizar”).

Después, configuramos la directiva de cumplimiento, para poder marcar un dispositivo como “Conforme” o “Inconforme” en función de su nivel de seguridad. Para ello, sigue estos pasos:
6. Desde el Centro de administración de Microsoft 365, pulsa sobre “Mostrar todo” y volvemos a acceder al portal “Endpoint Manager”.
7. Una vez dentro, ve a “Dispositivos”, en el panel lateral izquierdo.
8. A continuación, pulsa sobre “Directivas de cumplimiento”.

9. Pulsamos sobre “Crear directiva”.
10. En el panel lateral elegiremos la plataforma (en nuestro caso, “Windows 10 y posteriores”).
11. Pulsamos sobre “Crear”.

12. En la pestaña “Básico”, asignamos un nombre y pulsamos sobre “Siguiente”.

13. En la pestaña “Configuración de cumplimiento”, podremos asignar varios parámetros de asignación (como por ejemplo, la versión mínima del sistema operativo). En nuestro caso, nos interesa la opción “Microsoft Defender for Endpoint”. Desplegamos la pestaña y podremos establecer un nivel mínimo de puntuación de riesgo del dispositivo para que la directiva se aplique como “Conforme”. Recomendamos la opción “Borrar” (que significa que el dispositivo tiene que estar limpio). Pulsamos sobre “Siguiente”.

14. En la pestaña “Acciones en caso de incumplimiento”, podemos decidir qué hacer con los dispositivos inconformes (podemos dejarlo por defecto).

15. En la pestaña “Asignaciones”, fijamos a qué usuarios afectará esta directiva. Recomendamos aplicarla a todos (haciendo clic en “Agregar a todos los usuarios”).

16. En la pestaña “Revisar y crear”, veremos un resumen de la directiva que estamos generando. Si todo está correcto, pulsamos sobre “Crear”.

Ya solo queda configurar el perfil de configuración, que nos permitirá establecer la comunicación entre nuestros equipos y Microsoft Defender. Para ello, sigue estos pasos:
17. Desde el Centro de administración de Microsoft 365, pulsa sobre “Mostrar todo” y accedemos de nuevo al portal “Endpoint Manager”.
18. Una vez dentro, volvemos a acceder a “Dispositivos”, en el panel lateral izquierdo.
19. A continuación, pulsa sobre “Perfiles de configuración”.

20. Pulsamos sobre “Crear perfil”.
21. En el panel lateral elegiremos la plataforma (en nuestro caso, “Windows 10 y posteriores”).
22. En el desplegable “Tipo de perfil” seleccionamos “Plantillas”.
23. Se desplegará una nueva lista de opciones. Seleccionamos “Microsoft Defender para punto de conexión (…)”.
24. Pulsamos sobre “Crear”.

25. En la pestaña “Básico”, asignamos un nombre y pulsamos sobre “Siguiente”.

26. En la pestaña “Opciones de configuración”, deberemos activar la opción “Frecuencia de informes de telemetría urgentes”.

27. En la pestaña “Asignaciones”, volvemos a fijar a qué usuarios afectará este perfil. Recomendamos aplicarla a todos (haciendo clic en “Agregar a todos los usuarios”).

28. En la pestaña “Reglas de aplicabilidad”, elegiremos a qué versión de sistema operativo afecta este perfil: Regla: “Asignar perfil si” / Propiedad: “Edición del sistema operativo” / Valor: Seleccionamos todos.

29. En la pestaña “Revisar y crear”, veremos un resumen del perfil que estamos generando. Si todo está correcto, pulsamos sobre “Crear”.

3. Verificación
Tan importante es configurar como comprobar que el despliegue funciona correctamente.
- En el portal de Intune: Revisa el estado de la política de EDR que creaste. Deberías ver dispositivos en estado «Correcto» o «Succeeded».
- En el dispositivo local: Puedes ejecutar el comando sc query sense en el CMD con permisos de administrador para confirmar que el servicio de Defender está funcionando (la respuesta debería ser RUNNING).
- Prueba de detección: Microsoft ofrece un script de prueba de onboarding que genera una alerta inofensiva en el portal de Defender para confirmar que la comunicación es total.
Recuerda que en BiMind somos Premium Partner de Microsoft y podemos ayudarte con los primeros pasos para configurar tus productos de la suite de Microsoft en tu empresa. ¡Contáctanos si lo necesitas!
Aquí te dejamos un tutorial en vídeo para que puedas seguir paso a paso todo el proceso con éxito:
Recursos adicionales
Para profundizar en configuraciones avanzadas o resolución de problemas, recomendamos consultar la documentación oficial y herramientas de la comunidad:
- Documentación oficial de Microsoft sobre MDE e Intune.
- Scripts del analizador de cliente de Defender.
- Webinars técnicos en el canal de YouTube de Microsoft Security.
Preguntas frecuentes
¿Qué licencias son necesarias para usar Microsoft Defender for Endpoint con Intune?
Es necesario disponer de licencias que incluyan Microsoft Defender for Endpoint (por ejemplo, Microsoft 365 E3, E5 o F3 o Defender for Endpoint P2) y licencias de Intune para la gestión de dispositivos.
¿Se puede implementar Microsoft Defender for Endpoint sin Intune?
Sí, pero al hacerlo con Intune se obtiene una gestión centralizada y automatizada mucho más eficiente.
¿Qué dispositivos se pueden proteger?
La integración permite proteger dispositivos Windows, Windows Server, macOS, Linux, Android y iOS, según el nivel de licencia y configuración.
¿Cuánto tiempo tarda la implementación?
En entornos estándar, una implementación básica puede completarse en pocas horas, aunque el ajuste fino de políticas puede llevar más de una semana. A esos plazos habría que sumar la puesta en marcha y las pruebas de uso y seguridad en usuarios reales, que podrían alargarse de dos a cuatro semanas más.
¿Es recomendable hacer un piloto antes del despliegue global?
Sí, siempre es recomendable empezar con un grupo piloto para validar configuraciones y minimizar riesgos antes de escalar la solución.


